拼多多的个人店铺是无法拒绝开发票的，如果客户申请开发票，店主可以先和客户说明情况，然后需要询问消费者的发票抬头情况。询问完相关信息之后，店主可以找当地的税务部门来帮助自己处理发票情况。
拼多多个人店铺的客户申请开发票怎么处理?
1、首先个人在拼多多上开店铺就相当于是成为了个体户，个体户也是有开发票的义务的。如果店主不能通过拼多多店铺后台的开发票系统为消费者开出发票，店主可以先向消费者说明有关的情况，并且询问消费者发票抬头的信息。
2、店主可以到当地的税务部门处理发票的问题，开发票的时候向当地的税务部门提供代开普通发票申请表，以及一份代开普通发票付款方书面确认证明并且同时提交自己的合法身份证件原件。如果是他人代为经办的，还需要提供委托授权书一份。
3、税务部门收到相关资料之后就会进行审核，如果资料不全或者是填写内容不符合规定，应当一次性告知纳税人补正或者是重新填报。如果条件符合，就会为申请人即时办理发票服务。