1、顶部过滤：放在鱼缸顶部的过滤，有面积很小的过滤槽，也有几个盒子堆叠而成的滴流盒、过滤盒。这种鱼缸过滤方式的缺点是不够美观，而且如果是面积很小的过滤盒，过滤效果还比较一般，如果是面积很大，由几个盒子堆叠而成的滴流盒，过滤效果很不错。
2、底部过滤：一般是直接将水泵放置缸底，可直接将底砂里的污垢吸出，此外它还可在沙中形成水流，使底砂不缺氧。当底砂拥有足够的氧气之后，就能使水草生长得更加茂盛。另外一方面，底滤鱼缸一般过滤槽面积很大，是配合鱼缸底柜使用的，把过滤槽隐藏在鱼缸底柜下方，也是很美观，一般过滤效果很强大。
3、外挂过滤：一般是用瀑布过滤器或者外置挂桶。首先瀑布过滤器一般分成3小格，而且瀑布过滤器相对小巧，只需挂在缸壁，不像外置挂桶占地方。瀑布过滤器刚开始用时过滤效果不错，但是瀑布过滤也有弊端，它的抽水管特别容易堵塞，时不时就需要清理。而外挂置桶，则占地面积大，但过滤效果比较好。