1、产地存在差异性
肉苁蓉：肉苁蓉是需要在梭梭树上面寄生的一种植物，也只有沙漠中的环境才有利于肉苁蓉的生长，也正因为缓解的恶劣，让肉苁蓉的价值非凡。目前在我国的新疆、内蒙阿拉善盟、甘肃、宁夏等地都有生产，一般野生的肉苁蓉比人工培育的肉苁蓉品质更高。
草苁蓉：草苁蓉的生长环境没有肉苁蓉要求的高，也没有那么恶劣，但是也需要满足其特殊需求才可以生长。海拔一千两百米至海拔一千三百米的悬崖陡壁是草苁蓉偏爱的生长环境，同样具备了顽强的生命力，在我国的黑龙江、吉林、蒙古有生产，可以作为肉苁蓉的一个替代品。
2、价格差异性较大
肉苁蓉：由于肉苁蓉生长在环境比较恶劣的沙漠，在其他地方很难生长，所肉苁蓉的产量相对比较少，采摘的难度比较大，且因为肉苁蓉里面的营养物质非常丰富，所以肉苁蓉在市面上的价格是相对比较贵的，便宜的需要两三百一斤，品质更好的肉苁蓉可能需要上千元一斤。
草苁蓉：草苁蓉的生长地域比较多，也相对比较常见，所以草苁蓉的价格相对肉苁蓉而言要便宜很多，大致的价格是几十元到几百元的样子，具体的草苁蓉销售价格与草苁蓉的品质有关系。
3、成分具有明显差异
肉苁蓉：肉苁蓉之所以显得珍贵，主要是在于含有的成分对于人体比较在重要。其中含有生物碱、氨基酸、木脂素类等分，其中苯乙醇总苷是肉苁蓉里面很重要的一个活性成分，对于男性性能力的改善有明显的效果，对于女性的衰老和宫寒亦有帮助。
草苁蓉：草苁蓉与肉苁蓉的成分有相似也有陈耀兴，其中草苁蓉中含有草苁蓉醛、草苁蓉内酯、甘露醇和生物碱等成分，其中CR超级激酶是一个很重的物质，可以修复基因和细胞。