新疆的土地面积最大，不过高等教育并不发达。新疆一共有20所本科院校，公办的有16所。
第一层次
第一层次的大学包括中国石油大学（北京）克拉玛依校区、新疆大学和石河子大学。
这三所大学都是211大学。
中国石油大学（北京）克拉玛依校区严格意义上来说，不是新疆的高校。中国石油大学有两所，一所在山东，另外一所在北京。北京的又分成两个校区，克拉玛依校区是2015年揭牌的。克拉玛依油田是我国西部最大的油田，克拉玛依市是我国西部最重要的石化基地，因此需要大量的相关人才。新疆的高等教育跟内地相比，有不小的差距，中国石油大学（北京）在克拉玛依办一个校区，可以非常迅速地满足各方需求。这几年中国石油大学克拉玛依校区的录取分数线也逐年走高，越来越受到学生的欢迎。
新疆大学应该算是新疆地区的第一高校，在乌鲁木齐，于1960年成立，1978年成为新疆地区的唯一一所全国重点大学，16所综合性重点大学之一。在2000年，新疆大学和新疆工学院合并。在2017年的双一流工程中，还入选了一流大学B类，表明国家对新疆大学的重视，不过第二轮双一流工程对B类淡化了。新疆大学的王牌学科有：中国少数民族语言文学、数学、经济学、环境、马克思主义哲学、化学、计算机等。
石河子大学在石河子市，是新疆建设兵团的第一学府。石河子市曾经是新疆建设兵团的总部所在地，现在新疆建设兵团的总部所在地搬到了乌鲁木齐市了。石河子大学是在1996年，由石河子医学院、石河子农学院、兵团师范专科学校、兵团经济专科学校合并组建而成。
新疆大学跟石河子大学比，没有农学和医学，而石河子大学有农学和医学，因此有些外省市的人去石河子大学读医学，觉得性价比不错。其实石河子大学的农业也非常不错，新疆地大物博，气候特殊，是我国非常重要的一个农业基地。石河子大学的王牌专业有：化工、农学、农林经济管理、农业机械、动物医学、临床医学等学科。
新疆大学对口援助的组长是清华，石河子大学对口援助的组长是北京大学。希望将来这两所大学发展越来越好。
第二层次
第二层次的大学包括：新疆医科大学、新疆师范大学、新疆农业大学、新疆财经大学。
新疆医科大学的前身之一是新疆医学院，这是国家“一五”计划156个重点项目之一，学校创建于1954年，在1998年，与新疆中医学院合并成立新疆医科大学。现新疆医科大学有5个一级学科博士点，王牌专业有：临床医学、药学、公共卫生与预防医学、基础医学、中西医结合。
新疆师范大学是改革开放后建设的第一批大学，创建于1978年，其前身是乌鲁木齐市第一师范学校和新疆教师培训部。不过新疆师范大学发展很快，1993年开始招收硕士生，现在有6个一级学科博士点。它的马克思主义学院是全国重点马克思主义学院，其他王牌专业有：维吾尔语言、美术学、教育学和体育学等。
新疆农业大学的前身为八一农学院，是由王震将军于1952年创建的，1995年更名为新疆农业大学。新疆农业大学有个林场，占地有15万亩，面积不小，不过比不了东北林业大学，中国面积最大的大学，有48万亩。新疆农业大学有8个一级学科博士点：水利工程、农业工程、作物学、园艺学、畜牧学、兽医学、草学、农林经济管理。
新疆财经大学的前身是新疆省人民政府干部培训班；1959年升格为新疆财经学院，在2000年， 新疆财经学院、新疆经济管理干部学院和新疆财政税务学校合并，在2007年，升格为新疆财经大学。新疆财经大学在1998年获得硕士学位授予权，现有一个应用经济学一级学科博士点。
第三层次
第三层次的大学包括：塔里木大学、喀什大学、伊犁师范大学。
塔里木大学的前身可追溯到1958年，由王震将军创办，原名叫塔里木农垦大学，王震将军生前一直是名誉校长，在2004年，改名为塔里木大学。从历史可以看出，农学是学校的特色和王牌
喀什大学创建于1962年，是自治区最早的五所学校之一，当时是喀什师范专科学校，1978年升格为本科院校，2015年改名为喀什大学。2003年获得硕士授权点，现有5个一级学科硕士点，王牌学科有：教育学、中国语言文学和化学。
伊犁师范大学的前身是1948年成立的新疆省立伊犁专科学校，1980年升格为本科院校，改名为伊犁师范学院，2018年再次改名为伊犁师范大学。现在，伊犁师范大学有8个一级学科硕士点，包括：教育学、数学、物理学、化学、生物学、中国语言文学、思想政治教育和法学。
第四层次
新疆工程学院、昌吉学院、新疆理工学院、新疆科技学院、新疆第二医学院。
新疆工程学院前身是新疆煤矿学校，创建于1958年，2012年升格为本科院校，改名为新疆工程学院，比较强的专业有：采矿、资源勘查、电气工程及其自动化、机械、安全工程、矿物加工工程等。
昌吉学院的前身是成立于1959年的昌吉师范学校，2001年升格为本科院校，改名为昌吉学院。昌吉学院比较好的专业有：教育学、材料、数学、能源与动力、计算机等。
新疆理工学院在阿克苏，前身是新疆大学科学技术学院，在2019年转设为公办大学，比较好的专业有：通信工程、机械、计算机、物流工程、过程装备等。
新疆科技学院在库尔勒，前身是新疆财经大学商务学院，2019年转设为公办大学，比较好的专业是：会计学、金融学、财务管理、人力资源管理。
新疆第二医学院在克拉玛依市，前身是新疆医科大学厚博学院，在2021年转设为公办大学。